Sie stammte aus russischem Adelsgeschlecht, er aus einfachen Verhältnissen. Als Werefkin 1881 den 27-jährigen Hauptmann kennenlernte war sie bereits eine sehr erfolgreiche Malerin. Dennoch machte sie es sich zur Aufgabe, sein künstlerisches Talent zu fördern und steckte dafür ihr eigenes kreatives Streben zurück.
Aus dem Lehrer-Schüler-Verhältnis wurde bald eine komplizierte Beziehung. 1896 zog das Paar nach München und gehörte bald zum Kreis der künstlerischen Avantgarde. Sie pflegten unter anderem Freundschaften mit Kandinsky, Münter, Macke, Klee und Marc.
Mit Beginn des Ersten Weltkrieges musste das Künstlerpaar Deutschland verlassen und emigrierte in die Schweiz - sie ließen fast ihr gesamtes Hab und Gut zurück und versuchten einen Neuanfang. Schließlich trennten sich Jawlensky und Werefkin nach rund 40 gemeinsamen Jahren - er zog nach Wiesbaden und hatte große Ausstellungs- und Verkaufserfolge, während sie in Ascona blieb und bis zu ihrem Tod 1938 in einfachsten Verhältnissen lebte.